《决定》提出：“健全部门协调配合机制，防止政出多门、政策效应相互抵消。”这是完善国家行政体制、提高行政效能的重要举措，对推进国家机构职能优化协同高效，更好发挥政府作用具有现实意义。
第一，这是落实党和国家机构改革要求的重要内容。党的十九大提出，必须坚持党中央权威和集中统一领导，十九届三中全会对推动建立健全党中央对重大工作的领导体制机制、强化党中央决策议事协调机构职能作用、完善推动党中央重大决策落实机制作出了具体部署，明确由党中央及其相关机构负责重大工作的顶层设计、总体布局、统筹协调、整体推进。国家行政体制中的各个部门，相互关联、密不可分，应该作为一个有机整体发挥作用，形成政策合力，落实好党和国家决策部署。为此，各部门都要提高政治站位，增强“四个意识”、坚定“四个自信”、做到“两个维护”，确保令行禁止，密切配合、协调一致地开展工作，推动经济社会发展、管理社会事务、服务人民群众。
第二，这是提升政府治理能力和行政效能的客观要求。实践表明，政府设置不同部门并进行专业化分工，是对日益复杂经济社会进行有效管理、提高行政效能的客观需要，但不同部门实现行动协调一致还存在一些客观上的掣肘因素。一是各部门虽然已经明确了各自职责，但部门边界难以完全分明，且跨部门的事情也越来越多，部门在工作中容易出现规避或者转移责任的现象。二是部门制定的政策往往针对自己管理的领域，对其他领域的作用和影响可能会有所不同，如果不考虑相关联政策出台的先后次序或力度，就会出现政策效应叠加、共振或者抵消、掣肘，达不到政策所需要的“度”，甚至事与愿违。三是各部门制定具体政策时由于角度不同，往往出现一些从局部看合理、从全局看可能不合理的现象。因此，在部门专业化分工和职责明晰基础上，有必要通过加强部门协调配合，对各自优势加以整合，对不同考虑加以综合，对力度节奏加以协调，从而达到政策最佳的“度”，努力提高政策效应和实际效能。
第三，这是坚持问题导向，有针对性地完善国家行政体制及其运行机制的务实举措。改革开放以来，我国通过不断推进行政体制改革，政府组织结构得到优化，政府管理方式不断创新，行政管理水平和效率有了较大提高。但是，政府各相关部门行动不协调、少配合，政出多门、政策效应相互抵消的问题一直比较突出，市场主体对此反映较多。这些年来，虽然也建立了诸如会议协调、机构协调、联合办公协调等多种协调机制，但总的看运行并不理想。分析其原因，一是对部门协调配合机制进行规范的法律法规、制度规则相对缺失，部门协调配合缺乏制度性支撑；二是协调内容不规范，协调层级不明确，协调方式不具体，操作性不强；三是协调的力度不够，有时难以直奔主题；四是没有建立起有效的监督检查和责任追究制度，对不协调、不配合行为，无法确定应承担何种责任，也缺乏相应的追究办法。这些问题，要通过认真贯彻《决定》精神，深化行政体制改革来加以解决。
从当前和长远的经济社会发展需要看，经济社会系统复杂度不断上升，对行政管理的协调性、精准性、系统性提出了更高要求，要强化总揽全局、协调各方，各部门都要在党中央集中统一领导下，提高政治站位，强化协同配合，形成工作合力，不断改善政策效应，提高行政效能，更好发挥政府作用。
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